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　サン・クロードの歴史は、5世紀初頭にロマンとリュピサン兄弟が創設した修道院に始まる。集落の最初の名はコンダ（Condat、ケルト語で合流地点を意味するCondateに由来する）であったが、5世紀終わりには、修道院を大きくした修道士であった聖オイヤンの名にちなんで、サント・オイヤン・ド・ジュ（Saint-Oyand-de-Joux）となった。
　639年、ブザンソンのクロードがサント・オイヤンの修道院に入会し、699年に亡くなった。12世紀後半に、クロードの不朽の遺体が発見
されると、サント・オイヤン・ド・ジュは聖クロードの巡礼地として脚光を浴び、地名もサント・オイヤン・サン・クロードとなった。
　15世紀、ヴァロア朝のルイ11世が聖クロードを崇敬し、町の名前はサン・クロードのみとなった。ルイ11世は度々巡礼に訪れている。 1499年、ルイ12世と再婚したばかりのアンヌ・ド・ブルターニュは、跡継ぎが授かるようにサン・クロードへ巡礼に訪れている。彼女は最初の夫シャルル8世との間に生んだ子供全てを失っていたからである。アンヌは、聖クロードの取り次によって妊娠し、生まれた王女をクロードと名付けている。
　サン・クロードは中世の修道院を中心に発展した町であり、修道院を中心に農業、産業が栄えたが、フランス革命後、王制や封建制度を否定する目的から、サン・クロードはその名をコンダ・モンターニュ（Condat-Montagne：コンダの山を意味する）に変更させられている。第2次大戦中はドイツ軍の侵攻にあり、苦しい歴史を背負っている。
　サン・クロード教区は、1742年にベネディクト14世によって設立され、現在はブザンソン教会管区に属している。